Sieh doch mal im Gerätemanager nach, ob jetzt nicht doch wieder am System vorhandene Gemalto Treiber von Windows Treibersuche gefunden wurde.
Hast du schon mal probiert den Leser mit einem anderen Chipkartenprogramm zu verwenden, zb. Chipcardmaster http://www.chipcardmaster.de/
Bricht die Verbindung dann auch ab, sobald auf die Karte zugegriffen wird?